Sim, é possível.
Para definir o número de vias do documento deve aceder ao menu Definições > Configurações > Séries de documentos.
Em cada série, deverá selecionar o botão Editar, na linha do tipo de documento onde pretende alterar o número de vias.
Após aberta a janela de edição da série de documentos, deverá alterar o número de vias para o número desejado.
Estando o código QR ativado na empresa, a alteração do número de vias apenas será aplicado ao documentos emitidos após a modificação.